Я понял о чем вы говорите…
Да, если открыть список платежных документов, а потом принять платеж, то новый платежный документ не появится в списке платежных документов.
Для обновления списка, достаточно закрыть, а потом снова открыть окно «Платежи».
В новой версии это исправлено, следите за новостями на нашем сайте.